آزار نظام‌مند بهاییان ایران بر پایه سیاستی که او تایید کرد
بخشنام‌ه‌ای دولتی در ۱۳۶۹ که به گفته جامعه بهایی و گزارش سازمان ملل به امضا و تایید خامنهای رسید، خواستار برخورد با بهاییان به‌گون‌ه‌ای شد که «راه ترقی و توسعه آنان مسدود شود». هفت مدیر جامعه بهایی در ۱۳۸۹ به ۲۰ سال زندان محکوم شدند، خامنهای در ۱۳۹۲ فتوایی علیه بهاییان صادر کرد و دیده‌بان حقوق بشر سرکوب آنان را جنایت علیه بشریت آزار و اذیت خواند.
روند تحریریه‌ای از گزارش‌های عمومی است، نه یافته حقوقی.
- بخشنامه محرمانه درباره «مسئله بهاییان» با امضای خامنهای - به گزارش سرویس خبری جهانی بهایی، شورای عالی انقلاب فرهنگی به درخواست خامنهای و رفسنجانی بخشنام‌ه‌ای محرمانه تهیه کرد که با امضای سیدمحمد گلپایگانی و تایید و امضای خامنهای خواستار برخورد با بهاییان به‌گون‌ه‌ای شد که «راه ترقی و توسعه آنان مسدود شود». این سند در ۱۹۹۳ در گزارش گزارشگر ویژه سازمان ملل افشا شد. The 1991 memorandum on the Baha'i question
- محکومیت هفت مدیر جامعه بهایی به ۲۰ سال زندان - عفو بین‌الملل محکومیت هفت عضو گروه یاران، پنج مرد و دو زن که بیش از دو سال در بازداشت بودند، به ۲۰ سال زندان را محکوم کرد و اتهامات را سیاسی خواند. بنا به گزارش جامعه جهانی بهایی، دو تن از آنان، مهوش ثابت و فریبا کمال‌آبادی، در ۱۴۰۱ دوباره به ده سال زندان محکوم شدند. Sentences against jailed Iranian religious minority leaders condemned
- فتوای خامنهای: پرهیز از معاشرت با «فرقه ضاله» بهایی - به گزارش همبستگی مسیحی جهانی، خامنهای در فتوایی از ایرانیان خواست از بهاییان دوری کنند و این جامعه را «فرق‌ه‌ای منحرف و گمراه‌کننده» خواند. این سازمان گفت این فتوا امید به بهبود وضعیت اقلیت‌های دینی در دولت تازه روحانی را زیر سوال برد. Fatwa issued against Baha'i community
- دیده‌بان حقوق بشر: جنایت علیه بشریت آزار و اذیت - دیده‌بان حقوق بشر در گزارشی گفت نقض‌های پیاپی حقوق بهاییان در چهار دهه گذشته «به دستور ارشدترین مقامات دولت» ادامه داشته و اثر انباشته این سرکوب نظام‌مند به جنایت علیه بشریت آزار و اذیت می‌رسد. The Boot on My Neck: Iranian Authorities' Crime of Persecution Against Baha'is in Iran