دفاع از اعدام‌های دسته‌جمعی زندانیان سیاسی در ۱۳۶۷، در مقام رئیس‌جمهور و سپس رهبر
علی خامنهای که در سال ۱۳۶۷ رئیس‌جمهور بود، به گزارش عفو بین‌الملل از اعدام زندانیان مخالف در جریان اعدام‌های مخفیانه و دسته‌جمعی دفاع کرد؛ اعدام‌هایی که عفو بین‌الملل شمار قربانیان آن را دست‌کم ۵ هزار نفر برآورد کرده است. او بعد‌ها در مقام رهبر خواست پاسخ‌گویی را رد کرد و گزارشگر ویژه سازمان ملل در ۱۴۰۳ این کشتار‌ها را جنایت علیه بشریت دانست.
روند تحریریه‌ای از گزارش‌های عمومی است، نه یافته حقوقی.
- رئیس‌جمهور وقت: زندانی مرتبط با «منافقین» مستحق اعدام است - به گزارش عفو بین‌الملل، خامنهای که در آن زمان رئیس‌جمهور بود، در سخنانی که در یک روزنامه رسمی منتشر شد پرسید آیا باید به کسی که از درون زندان با فعالیت‌های «منافقین» ارتباط داشته شیرینی بدهیم و افزود که او «محکوم به اعدام است و ما او را حتماً اعدام می‌کنیم». این سخنان چند ماه پس از اعدام‌های مخفیانه تابستان ۱۳۶۷ بیان شد. Iran: Blood-soaked secrets: Why Iran's 1988 prison massacres are ongoing crimes against humanity
- واکنش به انتشار فایل صوتی منتظری: تلاش برای «تطهیر منافقین» - در مرداد ۱۳۹۵ فایل صوتی دیدار آیت‌الله حسینعلی منتظری با مقام‌های مسئول اعدام‌های ۱۳۶۷ منتشر شد که در آن او این اعدام‌ها را بزرگ‌ترین جنایت جمهوری اسلامی خوانده بود. به گزارش یافته‌های گزارشگر ویژه سازمان ملل، خامنهای در ۴ شهریور ۱۳۹۵ در دیدار با اعضای دولت حسن روحانی گفت انتشار این فایل تلاشی برای «تطهیر منافقین» است. Audio file of Hossein Ali Montazeri prompts calls for inquiry into 1988 massacre
- «جای شهید و جلاد نباید عوض شود» - به گزارش عفو بین‌الملل و العربیه، خامنهای در سخنرانی سالگرد درگذشت آیت‌الله خمینی و پس از آنکه نقش برخی مقام‌ها در اعدام‌های ۱۳۶۷ در رقابت انتخاباتی مطرح شده بود، گفت «جای شهید و جلاد نباید عوض شود» و دهه ۶۰ را «دهه افتخارات بزرگ» خواند. Iran: Blood-soaked secrets: Why Iran's 1988 prison massacres are ongoing crimes against humanity
- عفو بین‌الملل: اعدام‌های ۱۳۶۷ جنایت علیه بشریتی ادامه‌دار است - عفو بین‌الملل در گزارش «راز‌های خون‌آلود» اعلام کرد که از اواخر تیر تا اوایل شهریور ۱۳۶۷ دست‌کم ۵ هزار زندانی سیاسی به‌طور مخفیانه اعدام شدند و پنهان‌کاری درباره سرنوشت و محل دفن آنان جنایت علیه بشریتی است که همچنان ادامه دارد. این گزارش به اظهارات علنی خامنهای در آن دوره استناد کرد. Iran: Blood-soaked secrets: Why Iran's 1988 prison massacres are ongoing crimes against humanity
- گزارشگر ویژه سازمان ملل: کشتار‌های دهه ۶۰ جنایت علیه بشریت و نسل‌کشی است - جاوید رحمان، گزارشگر ویژه سازمان ملل در امور ایران، در گزارشی اعلام کرد که اعدام‌های ۱۳۶۰ تا ۱۳۶۱ و ۱۳۶۷ جنایت علیه بشریت از نوع قتل و نابودسازی و نیز نسل‌کشی است. در این گزارش آمده است که خامنهای متهم به دخالت در جنایت علیه بشریت در دهه ۱۹۸۰ است و مسئولان این جنایت‌ها همچنان در قدرت هستند. Iran: Atrocity crimes must be investigated and perpetrators prosecuted, says UN expert